La Division III, un’organizzazione governativa che cattura e studia i mutanti, ha messo le mani su David Haller, considerato uno dei più potenti. L’uomo ricorda i propri trascorsi al Clockworks Psychiatric Hospital, in cui aveva incontrato, e si era innamorato, di una donna di nome Syd Barrett, che tuttavia rifiutava di essere toccata. Al momento del suo rilascio, David l’aveva baciata, provocando uno scambio tra i loro corpi. Sopraffatta dai poteri di David, Syd aveva portato devastazione e ucciso Lenny Busker, amica di David. Nel presente, due persone di nome Ptonomy Wallace and Kerry Loudermilk salvano David dal governo e lo portano in una struttura, chiamata Summerland, guidata da Melanie Bird.
Qui il gruppo inizia, tra molte difficoltà, a studiare la mente di David. Emergono scenari paurosi dal passato dell’uomo, che scopriremo essere stato adottato. Le visioni dell’infanzia di David sono orrorifiche, e ci raccontano la sua ossessione con il protagonista di un libro per l’infanzia, intitolato “Il bambino più arrabbiato del mondo”, ma c’è anche un’altra presenza oscura nell’ombra. Il governo intanto cattura Amy, sorella di David. Syd, anche lei a Summerland, convince David a cercare di padroneggiare i propri poteri prima di muoversi contro la Division. Le facoltà del mutante tuttavia prendono spesso il sopravvento. In una di queste occasioni, vengono notati da Walter, mutante noto anche come The Eye, che lavora per la Division.
David viene pesantemente sedato da Melanie, al punto da non riuscire a risvegliarsi. Il gruppo cerca risposte da Philly, ex di David, e viene condotto dal suo vecchio terapeuta Poole, che vive in un faro. Si scopre che Poole non è altro che The Eye. Il gruppo viene circondato, e Kerry rimane ferita. David incontra nel piano astrale Oliver, riesce a risvegliarsi e salva gli altri. David, deciso a non fermarsi, va a salvare Amy. Melanie e gli altri, al loro arrivo alla Division, trovano un massacro. Intanto David ha appreso da Amy di essere stato adottato. Ormai in confusione, viene sopraffatto da Lenny – o almeno queste sono le fattezze assunte stavolta dal Re delle Ombre, o Farouk, un mostro che vive nella mente di David. Melanie e gli altri trovano infine David, ma sono seguiti da The Eye e, non avendo vie di fuga, si rifugiano nel piano astrale. Qui Lenny ha il pieno controllo, e tutti i personaggi vengono trasportati in una realtà in cui sono pazienti psichiatrici.
Inizia quindi una lotta per sfuggire alla mente di David, e al tempo stesso intrappolare Farouk in modo che non lo infetti più. Grazie all’aiuto di Oliver, il gruppo riesce nell’impresa, mentre The Eye muore. Al loro risveglio, i protagonisti sono attaccati dalla Division. Farouk riprende forza, mentre cerca di temporeggiare con Clark, alla guida degli agenti governativi. Syd bacia David e trasferisce Farouk dentro il proprio corpo. Il mutante si trasferisce da un personaggio all’altro fino a fermarsi definitivamente nel corpo di Oliver, con cui fugge da Summerland. Clark accetta di aiutare Melanie e gli altri a catturarlo. Nell’ultima scena, David viene catturato da un drone.
Il primo episodio della seconda stagione di Legion andrà in onda il 3 aprile negli USA e su FOX in Italia il giorno successivo, il 4 aprile.
Lo stesso David Haller ha cercato di riassumere gli eventi della prima stagione in un promo di FX:
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